PCAViz – WordPress plugin WordPress插件下载

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PCAViz

插件描述

PCAViz是用于在浏览器中显示分子动力学模拟的工具。为了鼓励使用,一个易于安装的PCAViz驱动的WordPress插件实现了“即插即用”的轨迹可视化。 PCAViz下载还提供了演示如何在任何网页中使用PCAViz的示例。

使用示例

PCAViz WordPress插件使用可插入任何WordPress帖子或页面的短代码。

主要属性

如果您使用没有任何属性的插件,它将允许您的网站访问者从您上传到WordPress媒体库的任何压缩JSON文件中进行选择。请注意,这些文件必须以 .compressed.json 结尾才能被识别。 [pcaviz] 如果要向网站访问者显示媒体库中存在的特定模拟,请简化模拟的名称。 PCAViz将搜索您的媒体库,并将选择以 .compressed.json 结尾的第一个JSON文件,其中包含您的标题,URL或文件名中的指定文本。 [pcaviz file =“larp1”]

您还可以控制分子样式。 WordPress插件使用 3DMol.js 来渲染分子。传递插件 3DMol.js AtomStyleSpec JSON字符串会改变分子的显示方式。 [pcaviz visStyle ='{“cartoon”:{“style”:“trace”,“color”:“grey”,“opacity”:0.75}}']

请注意 3DMol.js文档将AtomStyleSpec示例显示为JavaScript对象。 PCAViz只接受JSON字符串。两者看起来相似,但有重要区别(例如,必须始终引用JSON字符串中的键)。我们建议使用 JSON验证器来检查您r AtomStyleSpec字符串。

次要属性

要显式指定查看器的高度和宽度,以像素为单位: [pcaviz height = 150 width = 150] 要将查看器对齐左侧,居中,或者右边,并且可选地添加标题: [pcaviz align =“right”caption =“我的分子运动!”]

改为使用与。压缩相关联的标题。媒体库中的json 文件: [pcaviz mediaLibraryCaption =“true”]

(请注意,如果没有文件属性,此选项将自动设置为true指定。)

隐藏播放按钮: [pcaviz playback_buttons =“false”] 要防止插件循环动画: [pcaviz loop =“false”] 默认情况下,插件会自动开始播放模拟。要取消激活自动播放: [pcaviz autoplay =“false”] 指定动画的持续时间以及原子位置的更新频率: [pcaviz durationInMilliseconds = 10000 updateFreqInMilliseconds = 50] 通过在多个帧上平均原子坐标来平滑动画: [pcaviz windowAverageSize = 25]

控制插件缓存计算坐标的方式: [pcaviz caching =“continuous”]

可接受的值是“无”(无缓存),“连续”(在首次计算它们之后缓存每个帧的坐标)和“预”(在开始动画之前计算和缓存所有帧坐标)。

安装

您可以通过官方WordPress插件目录安装PCAViz WordPress插件。搜索 PCAViz wordpress.org 站点提供了有用的说明,详细说明了如何从其目录安装插件。

您也可以安装t他使用此存储库的 pcaviz-wordpress / 目录插件。将 pcaviz-wordpress / 直接复制到服务器的 wp-content / plugins / 目录(指令),或创建 pcaviz的ZIP文件-wordpress / 目录并通过WordPress管理界面上传(指令)。

常见问题

如何压缩我的MD轨迹以使用此插件?

点击下载 PCAViz Compressor 以压缩您的轨迹。

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